Um der Beliebtheit der Wallfahrt Rechnung zu tragen, erweiterte man die Anlage durch die Kreuzkirche.
Unter Abt Hieonymus II.Feury (Amtszeit 1609-22) wurde die Wallfahrt im Geiste der Gegenreformation modernisiert. Er ließ die Türme beider Kirchen aufstocken. Ein Jahrhundert später erfolgte unter den Äbten Wolfgang Mohr (1719-25) und Anselm Godin (1725-42) der Umbau der Marienkirche zu einer großen Wandpfeileranlage mit prächtiger Barockausstattung.
Pater Bonifaz Schachtner (+1743), der damals in Haindling wirkte, gründete die Erzbruderschaft der Heiligen Dreifaltigkeit. Er veröffentlichte auch Berichte über die wundertätige Hilfe der Haindlinger Madonna in seinen Mirakelbüchern, die weite Verbreitung fanden.
Der blühenden Muttergotteswallfahrt trug auch die Verlegung der Probstei aus Hainsbach nach Haindling 1733/34 in das neu erbaute „Klösterl“ Rechnung.
Der einfache aber stattliche Bau mit Walmdach befindet sich circa 150 m südöstlich der Kirchenanlage und ist heute in privater Hand.
In dem „Klösterl“ haben sechs Mönche aus dem Kloster St. Emmeram gelebt, die die Wallfahrt betreuten. Zu den großen Wallfahrtstagen waren zusätzlich 10 bis 12 Patres aus dem Kloster St. Emmeram aus Regensburg anwesend.
In jahrhundertelanger Bau- und Umbautätigkeit hat das Kloster St. Emmeram ein einzigartiges Wallfahrtszentrum geschaffen, das zu den bedeutendsten Gnadenstätten des bayerischen Kurfürstenzentrums zählte. Nach Boden und Sossau die drittälteste in unserem Gebiet und älter als Altötting.
Rund 60 Pfarreien pilgerten alljährlich zur Muttergottes nach Haindling. Allein am Pfingstmontag kamen 14 Pfarreien, die ab dem Morgengrauen eingeläutet wurden. Die Zahl der Wallfahrer mag jährlich circa 20.000 betragen haben.